Současný klub FK Krupka vznikl oddělením fotbalového oddílu od spolku Tělovýchovná jednota Krupka (TJ Krupka).
Tělovýchovná jednota Krupka má ve městě bohatou a dlouhou historii. Jednota sdružovala téměř všechny sportovní spolky, které ve městě provozovaly sportovní činnosti.
Dnes je hlavním cílem klubu výchova mládeže ve všech žákovských a dorosteneckých kategoriích, včetně fotbalové školičky pro předškolní děti. Tréninky a zápasy klubu se konají na stadionu v Krupce, k dispozici je hlavní travnatá plocha a plocha s umělým trávníkem, kterou čeká v brzké době rekonstrukce.
